市政乙級軌道交通工程專業承包資質申請的難點主要包括以下幾個方面：

1. **技術力量要求高**：
   - 難點：軌道交通工程具有高度的技術密集性和復雜性，需要企業具備一定數量且技術水平較高的專業技術人才，如注冊建造師（市政公用工程或機電安裝工程專業）、**工程師以及相關專業的中級職稱技術人員。
   - 對策：積極引進和培養技術人才，提供持續的專業培訓，確保人員配置滿足資質標準，并保留完整的勞動合同、社保繳納證明等材料。

2. **設備設施齊全****：
   - 難點：軌道交通工程施工需要用到大量專業且**的機械設備，對企業的設備投資和技術裝備水平有較高要求。
   - 對策：合理規劃和投入購置或租賃必要的施工設備，確保能夠獨立完成中型及以下規模的軌道交通工程項目，并形成清晰的設備清單和采購記錄。

3. **項目業績積累**：
   - 難點：申報資質往往需要企業提供一定的項目業績作為能力證明，而軌道交通工程項目的獲取和實施通常競爭激烈，不易取得。
   - 對策：積極參與各類招投標活動，通過合作或分包形式參與軌道交通工程項目，逐步積累有效業績。同時，妥善保存并整理好中標通知書、合同協議書、竣工驗收報告等相關資料。

4. **質量管理體系與安全規范**：
   - 難點：建立完善的質量管理體系并通過認證，同時在施工過程中嚴格遵守安全生產法規，是資質申報的重要條件之一。
   - 對策：引入ISO 9001質量管理體系，建立健全安全生產責任制，定期進行內部審核和外部評審，確保體系運行的有效性，并及時更新和完善規章制度。

5. **資金實力與信用狀況**：
   - 難點：企業在注冊資本、凈資產等方面需達到一定的財務指標，并保持良好的信用記錄。
   - 對策：合理安排公司運營和資本結構，確保達到資質規定的**注冊資本和凈資產要求，同時注重維護企業信用，避免發生不良信用事件。

總結來說，面對以上這些難點，企業應采取積極主動的策略，從人才培養、設備采購、項目經驗積累、質量安全管理以及財務管理等多個維度全面提升自身實力，以順利申請到市政乙級軌道交通工程專業承包資質。同時，關注國家及地方政策動態，嚴格按照**的資質管理規定進行申報準備。